En mi opinión, el usufructuario no puede sin más quedarse con ese dinero. Por supuesto que no
A ver, tu madre es cotitular de la cuenta que mantenía con tu padre, y al fallecer este sigue siendo titular de la misma, pero sólo puede retirar el 50 % ya que el otro 50% aún no se ha partido ni se sabe de quien es.
Al fallecer tu padre se abre la sucesión, y habrá que ver si hay testamento y de no haberlo realizar una declaración de herederos. Pero, antes de repartir los bienes hereditarios, habrá que hacer la liquidación de los bienes gananciales.
Tu madre será usufructuaria de un tercio de los bienes relictos (sobre el tercio de mejora) y aún no se sabe cual es ese tercio porque no se ha partido la herencia. Además, si no es heredera, sino legataria, la entrega de los bienes la tienen que hacer los herederos.
¿procedimiento penal o civil? sin ninguna duda tienes que iniciar un procedimiento de división de herencia, sin preocuparte de lo que se ha llevado cada uno. Eso constará en el cuaderno particional y se adicionará.
Yo lo veo sencillo porque me dedico sobre todo a llevar herencias, y te aseguro que lo de dejar las cuentas de los bancos a cero es lo más habitual, pero es muy fácil que se reintegre a la masa de la herencia.