Hola mlopezdec5!. Aunque yo ya cursé esta asignatura voy a contestarte según mi humilde entender.
Cuando la Administración inicie un procedimiento disciplinario en contra de un funcionario dispone de 6 meses para resolver el procedimiento. Los plazos se cuentan desde que se toma el Acuerdo por el órgano competente (Artículo 69 ley 30/92) hasta la notificación al interesado de la Resolución por la que se le impone la sanción.
En el caso concreto que expones (suspensión de sus funciones) es obligatorio instruir el procedimiento, lo que se hará cuando la calificación de la infracción sea grave o muy grave. Asimismo, según el Estatuto Básico del Empleado Público de 2007, las faltas y sanciones prescriben a los 3 años(muy graves), a los 2 años (graves) y 1 año (leves).
Según la ley 30/92 (art. 44.2): "En los procedimientos en que la Administración ejercite potestades sancionadoras o, en general, de intervención, susceptibles de producir efectos desfavorables o de gravamen, se producirá la caducidad. En estos casos, la resolución que declare la caducidad ordenará el archivo de las actuaciones, con los efectos previstos en el artículo 92". Lo que significa que la Administración de forma imperativa ha de dictar una Resolución, aunque sea tardía. Pero ¿y el funcionario va a estar con los brazos cruzados? No, pero lo que ocurre es que según doctrina del Tribunal Supremo, mientras no se produzca la prescripción, la Administración podrá iniciar un nuevo expediente en contra del funcionario.
Ver sentencia Sentencia (Sala 3.ª, Sección 4.ª) de 12 de junio de 2003, por la que se fija doctrina legal en relación con los artículos 44.2 y 92.3 de la Ley 30/1992, de 26 de noviembre, de Régimen Jurídico de las Administraciones Públicas y del Procedimiento Administrativo Común («B.O.E.» 11 agosto), en el sentido de que la declaración de caducidad y archivo de actuaciones establecidas para procedimientos en que la Administración ejercite potestades sancionadoras, artículo 44.2, no extinguen la acción de la Administración para ejercitar las potestades aludidas en ese precepto, siéndoles plenamente aplicable el artículo 92.3. (Doctrina del Supremo bastante criticada que atenta contra la seguridad jurídica).
Y más doctrina del T.Supremo : "Aunque son instituciones que se refieren a la inactividad de la Administración y ambas, tanto la prescripción como la caducidad, atienden a criterios de seguridad jurídica para limitar el tiempo que la Administración tiene para ejecutar su "ius puniendi", existen entre ellas grandes diferencias, a las que nos referiremos brevemente. La principal diferencia estriba en la incidencia que sobre el citado "ius puniendi" tiene una y otra institución. Mientras la prescripción imposibilita definitivamente que pueda perseguirse y sancionarse una falta disciplinaria o, en su caso, impide que pueda ejecutarse la sanción impuesta, la caducidad del procedimiento disciplinario sancionador no impide que vuelva a reiniciarse la persecución del ilícito disciplinario, siendo posible iniciar un nuevo procedimiento siempre que no haya transcurrido el plazo de prescripción. La prescripción conlleva efectos de cosa juzgada, en tanto que la caducidad, al haber dejado imprejuzgada la cuestión de fondo, permite abrir un nuevo procedimiento disciplinario sin vulnerar, por ello, el "ne bis in ídem".(STS 5574/2011).
No obstante lo anterior, si la Resolución de la Administración se dicta después de los 6 meses, lo que tiene que hacer la Administración no es dictar ya la imposición de la sanción al funcionario sino la CADUCIDAD y ARCHIVO del procedimiento y notificárselo al interesado para que lo impugne si quiere. (No hay que olvidar que detrás de la Administración están los Tribunales de Justicia). Y si la Administración no lo hace así y lo que dicta es la imposición de la sanción, el expediente está viciado por caducidad y el funcionario podrá impugnarlo. Pero es más, en esa Resolución de caducidad y archivo no puede la ADMINISTRACIÓN DE FORMA SIMULTÁNEA dictar el inicio de otro procedimiento disciplinario pues son resoluciones distintas: Una es la que declara la caducidad y archivo y la otra es la que inicia un nuevo expediente disciplinario.
¿Y el funcionario mientras tanto? Pues tendrá que esperar a que se resuelva el nuevo expediente si la Administración opta por iniciarle uno nuevo.
Con respecto a si la acción de regreso de puede ejercitar por menos importe del que la Administración ha pagado dependerá de la intencionalidad, dolo, culpa del funcionario, etc. (Título X de la ley 30/92 y Real Decreto 429/1993, de 26 de marzo).
