Buenas tardes Virgie32:
Respondiendo a tu planteamiento, para que te concedan la nacionalidad antes debes acreditar residencia continua y permanente en el país. Según lo expuesto, veo que tu compañero pasa unos meses en permiso de trabajo discontinuo en nuestro país y regresa a la Isla. Igualmente, no sé si os informaron que toda denegación al ser un acto administrativo, como tal, el mismo puede ser impugnado mediante el recurso de reposición que pone fin a la vía, y en último extremo un recurso ante el juzgado de lo Contencioso (de la Audiencia Nacional), asistido por abogado ( de oficio o no).
Sobre la pertinencia de repetir dicha solicitud, la respuesta es no, hasta que tu compañero pueda permanecer un tiempo en España, salvo salidas puntuales al exterior, de lo contrario el escenario será el mismo.
En cuanto a tu pregunta, en el tema de nacionalidad, la denegación no invalida una posterior solicitud.
Espero haberte ayudado.
Saludos.