Sólo corre convocatoria si te presentas en septiembre. Si no te presentas, o te presentas en las convocatorias ordinarias de febrero y junio, no corre convocatoria.
En cuanto a la otra duda, si no te conceden la beca tendrás que abonar en un sólo pago el importe total de la matrícula, no se fracciona el pago.
Te darán un par de semanas para pagar una vez denegada la beca, esta te la pueden denegar tanto en noviembre digamos, como en marzo, depende de como de rápido van en el proceso de revisión de los documentos aportados.