Hola,
Si no te presentas ahora, te queda esa parte de la asignatura anual (el 1º parcial) directamente para septiembre, pero puedes presentarte al 2º parcial de la asignatura perfectamente en mayo-junio. Es decir, que podrías aprobar el 2º parcial en mayo-junio y solo irías a septiembre con el primer parcial. Si durante el curso se supera uno de los dos parciales de una asignatura anual, en septiembre solo habrá que examinarse del parcial suspenso (o no presentado).
Otra cosa distinta es que suspendieses el 1º parcial en septiembre. En ese caso, aunque hubieses aprobado el 2º, si suspenderías la asignatura completa y tendrías que matricularte de nuevo.
Un saludo y ánimo