Estudiado el caso, queda claro que el legado es perfectamente válido. Se trata como bien decís, de un legado de cosa ajena, cual una vez visto el caudal hereditario no afecta a las legítimas. Por lo tanto lo único que cabría defender sería conforme al artículo 864 CC, que el legado está limitado a la parte que le correspondía al testador sobre la cosa.
Artículo 864.
Cuando el testador, heredero o legatario tuviesen sólo una parte o un derecho en la cosa legada, se entenderá limitado el legado a esta parte o derecho, a menos que el testador declare expresamente que lega la cosa por entero.
Otra posibilidad, dado que el padre (testador), vivía en el inmueble sobre el que grava el legado, junto con la legataria, y éste tenía el 75 % de las acciones de la sociedad propietaria de dicho inmueble, era conocedor que dicha propiedad, al menos en parte, no le era ajena, y alegar en base a esto que:
Artículo 862.
Si el testador ignoraba que la cosa que legaba era ajena, será nulo el legado.
Pero será válido si la adquiere después de otorgado el testamento.
Una tercera opción, sería considerar la posibilidad de pagar el derecho al legatario y con ello liberar de las obligaciones a los herederos. Pero esta tercera opción se antoja complicada, dado que la compensación económica del derecho, interpreto que tiene carácter subsidiario, en caso de no poder adquirir el bien. En el caso que nos ocupa, los herederos al adjudicarse la herencia del padre, se adjudicarán también las acciones que este tenía en la empresa y por tanto podrán dar cumplimiento al legado, ya que el inmueble en cuestión no pertenece a un tercero como tal, sino a una sociedad que va a quedar administrada por los herederos en su totalidad.
Creo que se van a tener que comer el marrón y dar cumplimiento al legado, dejando a la legataria en posesión y uso del inmueble.