Antes de nada persona si repito algo de lo que ya te han dicho, he leído las respuestas por encima y no sé si te han aclarado tus dudas del todo.
Lo primero que debes saber es que no hay obligación legal de inscribir en el Registro ninguna actuación, ni siquiera una compraventa, donación, ... Puedes hacerlo en documento privado sin más. Eso sí, a la hora de transmitir una propiedad por ejemplo, tendría que regularse previamente esa compraventa para poder inscribir todo el tracto sucesorio.
En tu caso, me da la sensación de que se trata de una segregación. Pero a lo cutre o dicho de otra forma, se quieren pasar de listos. Si no he entendido mal lo que nos cuentas, mi conclusión es que Han convertido un piso en dos sin escrituras de por medio. Ahorran en gastos de notaría, registro, ... Y tienen dos pisos para vender. Obviamente es una situación que si bien no es ilegal, si roza la ilegalidad en cuanto a que el bien inscrito en Registronde la Propiedad y en el Catastro es uno, y lo que físicamente adquirirías es algo completamente distinto. No sé si me explico. Es como comprar una bolsa de caramelos de un kilo abierta que sabes que tiene solo la mitad de caramelos que tenía, pero vas a pagar por todos ellos aunque la mitad se los haya comido otro.
Ten en cuenta por otro lado que si compras con hipoteca, el tasador del Banco va a advertir esta situación en su informe. Indicara que la superficie registral y la medida insitu difieren en un % superior al estándar, por lo que si no CONDICIONA la tasación a la adecuación registral de la vivienda, si te dará un valor muy bajo por la superficie que mida, y advertirá al Banco que no hay semejanza entre lo registrado y lo visto.
Yo no te recomendaría comprar así salvo que sea muy barato y en contrato privado. Ante el Notario es difícil que puedas comprar y que se inscriba correctamente la compra.
Olvídate del catastro, siempre hay diferencias con lo inscrito en él y en el Registro, aunque no debería ser así porque el segundo comunica al primero los datos pero bueno... En este caso el problema es otro, no de diferencia de metros, si no de un bien que ha sido segregado en dos en cuanto a la realidad física, pero que Registralmente sigue siendo una única finca registral.
Suerte y si tienes más dudas me dices