Ratzinger llevó las riendas de la Congregación para la Doctrina de la Fe, lo que le hizo ganarse críticas de 'duro' y 'conservador' entre los sectores más progresistas de la Iglesia. Fue polémico su enfrentamiento con su amigo y rival, el teólogo Hans Küng, lo cual incrementó su fama de intransigente, acusación que ni el propio Küng comparte[cita requerida]. Ambos eran compañeros de juventud en la Universidad de Tubinga, donde ejercían como profesores de Dogmática y defendían de forma entusiasta las reformas aperturistas del Concilio Vaticano II. Pero tras mayo de 1968, Ratzinger se fue haciendo más conservador y crítico con las posiciones teológicas más liberales y relativistas, mientras Küng radicalizó su pensamiento y fue desarrollando una teología muy crítica con los dogmas (especialmente con el de la infalibilidad papal). En 1979 la Santa Sede suspendió a Küng para oficiar como sacerdote y enseñar teología católica, polémica decisión que los partidarios de Küng atribuyeron a Ratzinger. Sin embargo, en septiembre de 2005, unos meses después de iniciado su papado, Ratzinger invitó a Küng a su residencia en Castelgandolfo para departir amistosamente sobre cuestiones teológicas en las que venía trabajando Küng y que interesaban al Papa, aunque dejando de lado las viejas polémicas en torno a la dogmática. Küng, desde su ecumenismo, piensa ahora que Benedicto XVI podría llegar a ser el renovador de la Iglesia que como cardenal no fue[cita requerida].
En una carta dirigida por el cardenal Ratzinger, entonces Prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe, al cardenal Theodore McCarrick, arzobispo de Washington DC, y a monseñor Wilton Gregory, presidente de la Conferencia de Obispos Católicos de Estados Unidos (USCCB), con ocasión de la reunión plenaria de primavera que este organismo, se sostiene una posible disparidad de opiniones entre los católicos hacia la pena de muerte, que contrasta con la posición sobre la eutanasia y el aborto:
Puede haber una legítima diversidad de opinión entre católicos respecto de ir a la guerra y aplicar la pena de muerte, pero no, sin embargo, respecto del aborto y la eutanasia.
Carta de J. Ratzinger, a cardenal Theodore McCarrick, arzobispo de Washington DC
. En el párrafo anterior de esa misma carta, se dicen unas palabras importantes para situar esta cita en su contexto:
Por ejemplo, si un católico discrepara con el Santo Padre sobre la aplicación de la pena de muerte o en la decisión de hacer la guerra, éste no sería considerado por esta razón indigno de presentarse a recibir la Sagrada Comunión. Aunque la Iglesia exhorta a las autoridades civiles a buscar la paz, y no la guerra, y a ejercer discreción y misericordia al castigar a criminales, aún sería lícito tomar las armas para repeler a un agresor o recurrir a la pena capital.
Durante una visita a su Baviera natal, el 12 de septiembre de 2006 Benedicto XVI pronunció un discurso en la Universidad de Ratisbona citando una discusión acaecida entre el emperador bizantino Manuel II Paleólogo (1350-1425) y un persa recogido en la obra publicada en los años 60 ‘Conversaciones con un musulmán, Séptimo coloquio’, del teólogo alemán de origen libanés Theodore Khoury:
"En el séptimo coloquio editado por el profesor Khoury, el emperador toca el tema de la ‘yihad’ (…) de manera sorprendentemente brusca se dirige a su interlocutor simplemente con la pregunta central sobre la relación entre religión y violencia, en general, diciendo: ‘Muéstrame también aquello que Mahoma ha traído de nuevo, y encontrarás solamente cosas malvadas e inhumanas, como su directiva de difundir por medio de la espada la fe que él predicaba’. El emperador explica así minuciosamente las razones por las cuales la difusión de la fe mediante la violencia es algo irracional. La violencia está en contraste con la naturaleza de Dios y la naturaleza del alma. ‘Dios no goza con la sangre; no actuar según la razón es contrario a la naturaleza de Dios. La fe es fruto del alma, no del cuerpo. Por lo tanto, quien quiere llevar a otra persona a la fe necesita la capacidad de hablar bien y de razonar correctamente, y no recurrir a la violencia ni a las amenazas… Para convencer a un alma razonable no hay que recurrir a los músculos ni a instrumentos para golpear ni de ningún otro medio con el que se pueda amenazar a una persona de muerte…"
Discurso de Benedicto XVI el 12 de septiembre de 2006 en Baviera
El texto enfureció a numerosos clérigos y creyentes musulmanes, que consideraron una insensibilidad o un desatino citar un texto antiguo donde se desacreditaba a todo el islam como "violento y malvado". El Papa sugirió días después que se habían malinterpretado sus palabras. Lamentó que hubiese habido quien las hubiera interpretado erróneamente, tanto en el mundo islámico como en Occidente; ese mismo año hizo un acercamiento a personalidades de otras religiones, tras reunirse con líderes de Turquía y con el Patriarca ecuménico de Constantinopla, Bartolomé I.
Se expresó en contra del uso del preservativo en África, durante la visita de Benedicto XVI a Camerún y Angola al realizar una declaraciones en una entrevista concedida en el vuelo realizado entre Roma y Yaundé el 17 de marzo, en las que afirmaba:
no se puede superar el problema del Sida sólo con eslóganes publicitarios. Si no está el alma, si no se ayuda a los africanos, no se puede solucionar este flagelo sólo distribuyendo profilácticos: al contrario, existe el riesgo de aumentar el problema.
Agencia Zenit
varios gobiernos europeos y ONG expresaron su disconformidad con estas declaraciones generando una gran polémica
