Depende del programa, pero normalmente tienes opciones para elegir el modo en que el programa va a pasar el PDF a Word, respetando completamente el formato u obvaiando ciertos formatos.
Lo mejor suele ser que no respete ningún formato, solo testo (normalmente puedes poner que respeta las negritas, cursivas y subvrayados), así o tendrás saltos de línea, márgenes raros, etc.