Hola,
Contestando directamente a tu duda, no, no te van a guardar un parcial para los siguientes cursos, tienes que aprobar los dos parciales para aprobar la asignatura.
En las asignaturas que se han dividido este curso tampoco guardaban parciales del curso pasado, por ejemplo.
En definitiva, en las asignaturas anuales no se guardan parciales.
Eso sí, yo te animo a que lo intentes en junio, que no lo des por imposible sin haberte presentado ni a un examen siquiera.
Suerte!