No sólo puedes, sino que además es recomendable (no es lo mismo ir a septiembre con toda la materia, que con un sólo parcial).
Vamos, respondiendo concretamente a tu pregunta, la respuesta es que si que puedes presentarte al segundo parcial, apruebes o suspendas el primero (e incluso aunque no te hubieras presentado). Así, si suspendes el primero y apruebas el segundo, sólo irias a septiembre con lo suspenso (es decir, el primero), y lo mismo pasaría al contrario, claro.
