De acuerdo con el Artº 45 del Estatuto de los Trabajadores (Real Decreto Legislativo 1/1995, de 24 de marzo), la baja por enfermedad común exonera a la empresa de la obligación de pagar el salario, y al trabajador, por supuesto, de la obligación de trabajar.
En el enlace de la Seguridad Social habrás visto que la Seguridad Social abona parte del salario a partir del 4º día de baja.
No se trata de que te quiten más a partir de un determinado día, sino de que los tres primeros días te quitan el salario completo de esos días (y la parte alícuota correspondiente a las pagas extras), y a partir del 4º recibes un complemento (que no lo da la empresa, sino la SS).
Debes mirar el convenio para ver si tienes alguna mejora sobre el Estatuto de los Trabajadores. Pero, eso sí, el convenio no puede reducir las condiciones del ET.
La cuantía de tu reducción (el 20%) me parece exagerada. Pero puedes calcularla de este modo: divides el salario bruto mensual por 30, y multiplicas por dos. Los días 4º y 5º deberías haber recibido, por parte de la SS, un 60% de la base reguladora por cada día (divide la base de cotización, que vendrá en tu nómina, por 30).