Que sólo se te exente de un segundo plazo (la mitad de la totalidad del importe a pagar) y no del total del importe a pagar no es raro, se trata de una posibilidad si los organismos encargados y competentes para resolver acerca de la beca entienden que tu situación no merece más.
En otros estudios, incluso creo que en la misma Uned, existe una solicitud llamada "ayuda al estudio", y suele ser habitual la exigencia de que primero se paga el primer plazo, y después se resuelve acerca de cuánto se exenta de la cantidad total, si todo, o sólo la segunda cuota del importe total.
Eso no quiere decir que sea tu caso, pero es una posbilidad a tener en cuenta, yo creo. Por eso, ante la ambiguedad de la resolución, lo mejor es la directa consulta al organismo que te ha concedido la beca. Igual es lo que dices, que se trate del total.
Es sólo mi idea de esta cuestión, que puede ser errónea, claro está. Un saludo.