La respuesta es sí, aunque no en el caso que planteas. Por ejemplo, una empresa que presta servicios de telemarketing y a la vez de azafatas, puede tener dos convenios. En el caso de LM, aunque vendan cosas distintas, estarán todos en el de "comercio" o similar.
En las grandes empresas, es posible tener un convenio propio, y dentro de ese convenio, también son posibles los llamados "convenios franja" para un determinado colectivo (por ejemplo los técnicos de mantenimiento de aeronaves de Iberia tenían su propio convenio).
En cualquier caso, lo habitual es que toda la empresa tenga el mismo convenio, pues la jurisprudencia entiende que no es apropiada la práctica de parcelar las actividades de la empresa para aplicarle a cada una de ellas el correspondiente convenio colectivo (esto me lo dijo el abogado laboralista de mi empresa).
