En las bases de las becas seguramente venía especificado en los requisitos que tenías que aprobar 1/3 de las asignaturas (esa es la referencia, a la Orden EDU xxx/2009, que dices); lo has incumplido, asi que te tocará devolver el dinero que tan alegremente has gastado. Y sino, vía de apremio, con sus intereses y sus costes. Poco tienes que recurrir o alegar, salvo que haya un error y efectivamente hayas aprobado el mínimo exigido...