Mira a ver si son todas las asignaturas. Este año no te saldrán a 0 las asignaturas que aún cumpliendo los requisitos para que te concedan la beca, esa no estaría incluída. Te explico, yo he solicitado beca también, y al hacer la matrícula me salen a 0 todas las asignaturas que son primera matrícula, pero tengo una que no lo es y esa sí me sale el importe a pagar, es más, esa la tienes que pagar junto con las tasas de secretaría (imagino que te dará la opción de hacerlo en un pago o en dos).
Comprueba que las asignaturas de las que te matriculas por primera vez te salen a o.
Espero haberte sido de ayuda, no obstante si quieres que te lo expliquen mejor, o no es el mismo caso que el mío, llama a tu centro asociado.
Un saludo.