A la primera pregunta, no tienes por qué matricularte en Madrid. Puedes hacerlo allí o en Málaga y examinarte donde quieras, avisando antes al centro, si no es el tuyo. Lo más lógico sería matricularte en el centro más cercano a tu domicilio, y cuyos servicios vas a utilizar, en este caso, Madrid.
A la segunda pregunta, el traslado de expediente sólo se hace para alumnos que vienen de otras universidades, no hay traslado de expediente por cambiarse de centro asociado. Si eres de otra universidad y cambias a la UNED, el precio público por traslado de expediente es de 35,86 euros.
Un saludo.