Hola:
Hay aseguradoras que lo pagan y otras no, aunque en puridad no están obligadas a pagar el IVA si el asegurado es una empresa y es lógico, si lo hiciese tendría un enriquecimiento injusto la propia empresa, ya que lo cobraría y tendría la posibilidad de deducirse el IVA de la factura del siniestro.
Cosa diferente es que sea un obligado tributario en módulo, en ese caso la aseguradora tendría que indemnizar con IVA incluido, ya que no tendría posibilidad de deducirse el IVA.
Por lo tanto, si el siniestro es 1.000 euros más IVA, el proveedor del servicio haría la factura por dicho importe a nombre de la empresa asegurada, esa empresa, en teoría tiene que pagar los 1180 euros al proveedor del servicio, contabiliza dicha factura, como un gasto de 1000 y se deduce los 180 euros de IVA, y contrapartida la cuenta de tesorería del pago total.
Una vez reciba la indemnización del seguro, 1.000 euros lo llevaría a ingresos por indemnización y contrapartida la cuenta de tesorería. En resumen, el asegurado no le ha costado nada el siniestro.
Saludos cordiales,
jbr