Entiendo que la fecha de plazo de solicitud de abril es para el curso 2011/12 con lo cual no entras en plazo, pero si tu solicitud es para el curso 2012/13 lo primero que tienes que hacer es la solicitud de beca del Ministerio de Educación aunque sepas que no cumples los requisitos y una vez que te la denieguen es cuando puedes solicitar la beca del Fondo Social que tendrá de plazo me imagino que hasta abril de 2013.
En cuanto a posibles problemas en los exámenes de febrero, una vez que te denieguen la beca del ministerio tienes dos opciones, o pagas la matrícula (creo que es lo más recomendable ya que tienes un nuevo y corto plazo de pago y así evitas el problema de febrero) y esperas a que se resuelva la solicitud del Fondo Social y posterior ingreso de la beca, o no pagas y de nuevo esperas la resolución pero te arriesgas a los posibles problemas de estar fuera de plazo del pago de matricula o cualquier otro problema que pueda surgir convirtiéndose todo en una pesadilla.
