Primero de todo, comprueba el convenio de empresa y el convenio del sector (normalmente, el de empresa mejora el del sector). Si tienes plus sobre nocturnidad y no excede el tiempo legalmente establecido, no te correspondería el cómputo, ya que se está pagando lo pactado en convenio (sin olvidar que el convenio tiene fuerza de ley). En cualquier caso, si en tu empresa hay comité de empresa (supongo, pues teneis convenio), o bien, delegados de personal o sindicales, ellos te aclararán las dudas, ya que habrán negociado dicho convenio y sabrán de trampas y trabas que la empresa suele poner.
En cualquier caso, suerte.