Amigo Cesar:
En mi opinión en el primer caso sólo está sujeto a IVA, no se trata de un arrendamiento, es una actividad de la empresa, se dedica al almacenamiento y por ello cobra una cantidad que estará gravada por el IVA correspondiente.
En el segundo caso puede ser, o bien mediante un abono de la prestaciones, le realiza una abono incrementado en el IVA correspondiente, o bien se puede tomar como indemnización, (como si estuviese asegurada por una Cía de seguro) y entonces no tendría IVA, sería un gasto para la SA y un ingreso extraordinario para la empresa que recibe la indemnización.
No sé si estaré equivocado, saludos,
jbr