Si el terreno es urbano o urbanizable creo que está sujeto a IVA al ser una SL la vendedora, y no sujeto en el ITP, es independiente del caracter del comprador, cuando tu compras una vivienda al promotor, te repercute IVA y en la misma escritura se suele incluir una claúsula solicitando la no sujeción al ITP. Lo mejor es que antes de nada le pidas copia de la escritura de compraventa (al comprador, al banco hipotecante o copia simple en la notaria), para despues ver el apartado donde el notario advierte de las repercusiones fiscales, si solicita la no sujeción (tu estas seguro que el comprador pago ITP?), y el desglose del precio IVA incluido o no.
En caso de que finalmente esté sujeto a IVA, has de presentar declaración complementaria, y rectificar el resumen anual del 390, ademas de incluirlo en el modelo 347 antes del 31-03-2010, esto que se encarge tu gestor. Pero no te precipites. Hacienda lo puede detectar ya que los notarios (en general), presentan comunicaciones, creo que mensuales, a la Agencia tributaria de los compraventas, pero depende de la agilidad de la Agencia Tributaria de tu zona. Lo que si que te aconsejo es que en caso de recibir un requerimiento de hacienda mientras lo aclaras, si presumes que es este requerimiento, regules tu situación, pagando o solicitando aplazamiento, antes de recibir formalmente el requerimiento en correos, ya que la sanción puede ser menor si regularizas antes de ser requerido.
Si finalmente esta sujeto a IVA y no se ha solicitado la no sujeción a ITP, pedir la devolución es posible, pero la Hacienda autonómica no se lo va a poner fácil al comprador, porque sería el el que debia pagarte el IVA y solicitar la devolución por doble imposición a la Hacienda autonómica.
Aparte has de tener en cuenta las repercusiones en el Impuesto sobre sociedades, y como decia el compañero la plusvalía en el Ayuntamiento.
También te puedes informar sobre fiscalidad de forma anónima en el 901335533, marcando el 3 (IVA).