Hola:
Te voy a contestar de lo que recuerdo:
Todas las resoluciones deben ser motivadas. Claro está está hablamos de resoluciones expresas, no producidas aquellas por silencio admimistrativo.
Ahora bien, no se si en la tramitación de ese expediente del que hablas, el recurso de alzada está precedido de una resolución por silencio administrativo, por que si es así, la administracion tiene obligacion de contestarte expresamente. Es decir, la LEy 30/1992, prohíbe a las administraciones dejar sin atender, ni contestar ningun asunto administrativo. Si no es en primer acto resolutivo de la Administracion, debe responder expresamente en el segundo, con el recurso de alzada.