Si pide la prestación por baja de Autónomos, deberá pedirla luego del cabecera, por la mutua a la que la empresa esté asociada, según la base de cotizacion será la ayuda que cobre.
Suponte que el socio tiene una escayola en un brazo.
Siendo autónomo se contrata en las mútuas la cobertura por accidente de trabajo (con lo cual la asistencia y costes así como la baja correrá por parte de la mútua si la enfermedad derivó de su actividad laboral...caso de autónomos se excluye los accidentes de tráfico "in itínere" o "in mision" ya que el autónomo es su propio empresario...salvo que sea transportista claro y si choca, es laboral

)
O pagas sólamente la contingencia común (que es lo más habitual, porque se paga menos cuota mensual)
En el segundo caso, se pide la baja por incapacidad temporal a la Seguridad Social, tanto si la escayola te la ganaste currando, o esquiando.
Si está de baja por la Seguridad Social y cobrando la prestación NO puede trabajar...como le pillen con una inspección currando, o la mútua le ponga un detective detrás, (porque es la mútua la que pagará la incapacidad temporal o baja, hasta 18 meses, luego si hay incapacidad permanente pagará la SS ) se le cae el pelo.
Ahora, si está con asistencia y sin baja, nadie puede reclamarle nada por seguir trabajando, ya que no hay fraude.
Pero en general cuando se pide "Baja" al médico de cabecera implica solicitud de cobro, y el empresario (autónomo) si quiere cobrar deberá llevar a la mútua correspondiente la documentación que le pidan para tramitarlo.
Hasta donde yo sé el cobro no queda automáticamente solicitado.
Mejor asesorarse por teléfono en la misma mútua.
Espero haber sido de ayuda y no haberlo liado más.