Efectivamente, hay que distinguir los dos recargos.
Recargo por declaración extemporánea: No realizaste la autoliquidación dentro del plazo establecido en la normativa de cada tributo. Te das cuenta, o lo sabes y te arrepientes y dices tengo que hacer la autoliquidación. Y vas y la haces sin requerimiento de la administración dentro de los 3, 6, 12 o despues de los 12 meses siguientes a cuando tendrías que haberlo hecho y no lo hiciste. Pero si no te dice cuanto tiempo después de finalizado el plazo has hecho la declaración extemporánea es imposible saber que recargo se devenga por extemporaneidad.
Recargo del periodo ejecutivo: Independientemente del tiempo que haya tardado en hacer la autoliquidación extemporánea, hay una cosa que está clara. Cuando la haga, al mismo tiempo de hacerla tengo que pagar, porque al día siguiente de presentarla, si no he pagado, me meto en el periodo ejecutivo. Como la pregunta sí especifica que tardó en pagar tres días tras llevar a cabo la autoliquidación extemporánea, lo que nos está especificando es que también le corresponde pagar el recargo ejecutivo porque, aunque como bien comentais, se supone que éste será solo del 5% porque aún no ha dado tiempo a la administración a notificar al obligado la providencia de apremio.
Pero que quede claro que esos 3 días especificados, nada tiene que ver con estar dentro de los tres meses de la declaración extemporánea, son conceptos distintos.