Hola
A mi no me resultas molesto, para nada, prácticamente hasta hace unos tres meses era un continuo en el trabajo, y las empresas de seguro y las asesorías "quitamultas" se creen que con comerle el cerebro a sus asegurados, la Administración va a quitar la multa, jejje, están atrasados hasta en la Ley; efectivamente a la que haces alusión fue la primera que implantó la retirada de puntos, pero ha sido modificada por la 18799; antes por ejemplo, por estaciones en un paso de cebra según esa ley se detraían 2 puntos, a partir de mayo de 2010 esa sanción, por ejemplo, desapareció, así como la prescripción, si no se presenta alegaciones en el plazo de 20 días naturales, automáticamente se va a la vía de apremio a los 30 días, sin opción a interponer recurso, en fin, que han sido muchos cambios, cambios que obligó a introducir una Disposición Adicional novena bis en la Ley 30, pero bueno, mejor lo dejo, y voy con lo tuyo, al menos con lo que contestaba a tan "escrito" de alegaciones y recurso de las susodichas, muchas veces copias literales unas de otras.
Tanto la sanción pecuniaria como los puntos son "sanciones"; el ámbito sancionatorio actúa casi de idéntica forma al penal, a partir de la Ley 30 se trasladó mutatis mutandi los principios del derecho penal al sancionatorio, así que podemos decir que conlleva una "pena-sanción" principal y otra accesoria y, desde luego, ambas se deben recurrir en el mismo escrito, por una razón muy sencilla, el mismo funcionario local que tramita el procedimiento sancionador, una vez adquiere éste firmeza "graba" los puntos en la interfaz de tráfico, estamos auténticados electrónicamente para ello y, que no te engañen con eso de que puedes recurrir primero una cosa y después otra, porque es mentira, los puntos se van grabando y en el supuesto de que se consuman los que tengas, lo que te llega a nivel central es la retirada del carnet de conducir, no la comunicación de la detracción de puntos que se hayan realizado en los expedientes grabados.
Puedes ir, si quieres al contencioso, pero has de tener presente una cosa, salvo una sentencia de un tribunal superior de justicia, en la que se consideró que no cabía la detracción de puntos, no hay más jurisprudencia al respecto, y de veras la ejecutividad del acto no se paraliza, se graban y, después si tienes la suerte de que te acepten el recurso, se vuelve a entrar en la Interfaz de Tráfico, y se le da a dar de baja en el expediente los puntos grabados, pero no antes; esto de respuesta a tu pregunta, efectivamente una vez firme se graban sí o sí, a menos que el funcionario esté "paniaguao", y se le acumule el trabajo (y no quiera ir por las tardes si obligación alguna, como hacía yo, para adelantar).
Una vez esto compañero, es tu decisión, el ir al contencioso, por ahora, no te beneficia para nada, al menos, a efectos de la ejecutividad del acto y, después, dado lo que tarda esta vía jurisdiccional, pues depende del fallo del Juez. Yo no sé en la Administración que te han impuesto la sanción cómo lo harán, pero si hubiese sido estando yo al frente de los procedimientos, te aconsejaría lo que a muchos/as de mis interesados/as, si no vas al contencioso, pides el fraccionamiento, se queda tal cual la cantidad, aunque se te graben los puntos, y suele tardar un par de meses en que llegue el acuerdo con sí o el no (los/las que han solicitado tal cosa, incluso en infracciones por alcoholemia no han tenido problema alguno, de todos los que he tramitado) y, además te puedes ahorrar las costa; si está seguro de que puedes ganar porque no hayas cometido la infracción, o porque se haya podido dar alguna causa de nulidad en el procedimiento, pues al contencioso, no obstante, recoge la sentencia del TC, ahora no me acuerdo el número, creo que es la 75, de 1985, que "la denuncia, previa ratificación de los hechos por el agente denunciante, constituyen prueba suficiente para que la Administración pueda entender que se ha producido una infracción, y en consecuencia, la existencia de responsabilidad administrativa"; hay muchas más respecto a la regulación del tráfico, el control, etc, y yo sólo trabajo con jurisprudencia del TC o del Supremo.
Ahora, la decisión es tuya, ¡suerte en lo que decidas!