Por lo que entiendo el Reglamento 2201/2003 únicamente se aplica en el efecto constitutivo d eseparación divorcio o nulidad, no en otras cuestiones de las mismas, efectos alimentos, menores...
Efectivamente, así es.
Por ejemplo si un español y un francés se separan, loos efectos del divorcio, la ley aplicable sería por el CC(art. 107) y no por el reglamento, no? 
Ojo, porque la ley aplicable sería el art. 107 del CC, pero si fuese Reglamento comunitario sería el 1250/10 y no el 2201/03 que citas (este es para competencia judicial, tribunales competentes, no ley aplicable).
El asunto es así:
COMPETENCIA JUDICIAL INTERNACIONAL EN MATERIA DE DIVORCIO, SEPARACIÓN JUDICIAL Y NULIDAD MATRIMONIAL
Materias de aplicación del Reglamento 2201/03:
a) divorcio, separación judicial y nulidad del matrimonio;
b) atribución, el ejercicio, la delegación, la restricción o la finalización de responsabilidad parental sobre los hijos comunes de los cónyuges, pero SÓLO cuando la cuestión se plantee con ocasión de las acciones en materia matrimonial separación, divorcio o nulidad matrimonial. La responsabilidad parental comprende:
- el derecho de custodia y el derecho de visita,
- la tutela, la curatela e instituciones análogas.
- La designación y las funciones de toda persona u organismo encargado de ocuparse de la persona o de los bienes del menor, de representarlo o de prestarle asistencia.
- El acogimiento del menor en una familia o en un establecimiento
- Las medidas de protección del menor ligadas a la administración, conservación o disposición de sus bienes
El Reglamento 2201/03 presenta varios foros alternativos (art. 3) de COMPETENCIA JUDICIAL INTERNACIONAL en materia de separación, divorcio o nulidad; así los tribunales de un país comunitario, se declararán competentes cuando concurra cualquiera de estos foros:
1º) La residencia habitual de los cónyuges.
2º) El último lugar de residencia habitual de los cónyuges, siempre que uno de ellos aún resida allí.
3º) La residencia habitual del demandado.
4º) En caso de demanda conjunta, la residencia habitual de uno de los cónyuges.
5º) La residencia habitual del demandante si ha residido allí durante al menos un año inmediatamente antes de la presentación de la demanda.
6º) La residencia habitual del demandante en caso de que haya residido allí al menos los seis meses inmediatamente anteriores a la presentación de la demanda y de que sea nacional del Estado miembro en cuestión o, en el caso del Reino Unido e Irlanda, tenga allí su domicilio.
7º) La nacionalidad de ambos cónyuges o, en el caso del Reino Unido y de Irlanda, del domicilio común.
Cuándo se aplica el Reg. 2201 y cuando la LOPJ?:
1) si en España se encuentra la residencia habitual de los cónyuges (art. 3.1 a); el art. 22. 3 de la LOPJ establece el mismo criterio pero no se va a aplicar nunca por primacía del Reglamento 2201/03;
2) si en España se encuentra la última residencia habitual de los cónyuges cuando uno de ellos todavía resida allí (art. 3. 1 a) o
3) si España es la residencia habitual del demandado (art 3. 1 a); el art. 22. 2 de la LOPJ establece el mismo criterio pero no se va a aplicar nunca por primacía del Reglamento 2201/03;
4) en caso de demanda conjunta: la residencia habitual de uno de los cónyuges (art. 3. 1 a)
5) la residencia habitual del demandante si ha residido allí al menos los seis meses inmediatamente anteriores a la presentación de la demanda y es nacional español (art.3 .1 a); el art. 22. 3 de la LOPJ establece que la competencia de los tribunales españoles cuando el demandante sea español y tenga su residencia habitual en España. Es decir este artículo sólo se aplicará en virtud de la competencia residual cuando el demandante español no lleve residiendo 6 meses en España en el momento de interponer la demanda: siempre que de los artículos
3 a 6 del Reglamento no resulte competente otro Estado miembro del mismo;
6) Serán también competentes los tribunales españoles si los cónyuges son ambos españoles cualquiera que sea su residencia (art. 3. 1 b); el art. 22. 3 de la LOPJ establece la competencia de los tribunales españoles cuando ambos cónyuges sean españoles (se entiende cualquiera que sea su residencia) y siempre que promuevan su petición de mutuo acuerdo o uno con el consentimiento del otro. Este apartado no se va a aplicar nunca porque queda subsumido en el art. 3 1 b) del Reglamento que no exige mutuo acuerdo ni consentimiento.
7) El artículo 22. 3 de la LOPJ establece que los Tribunales españoles serán competentes por sumisión de las partes (expresa o tácita). En este caso y, según lo establecido por el artículo 7.1. Reglamento de Bruselas II se admitirá este criterio de competencia únicamente cuando de los artículos 3, 4 y 5 del Reglamento no resulte que otro Estado miembro sería competente.
LEY APLICABLE EN MATERIA DE DIVORCIO Y SEPARACIÓN JUDICIAL
La LEY APLICABLE a la separación judicial y divorcio (demandas posteriores al 21 de junio de 2012) es el REGLAMENTO ROMA III (Regl. 1250/10), que establece los siguientes foros en orden jerárquico:
1. ley elegida por las partes: debe ser una de estas: residencia en el momento de celebración del convenio de elección, última residencia común si uno de los cónyuges reside allí al tiempo de celebración del convenio, nacionalidad de uno de los cónyuges en el momento de celebrar el convenio o, ley del foro
2. en defecto de ley elegida, se aplica la Ley del país en que los cónyuges tengan su residencia habitual en el momento de la interposición de la demanda
3. en defecto del anterior criterio, se aplicará la Ley del Estado en que los cónyuges hayan tenido su última residencia habitual, siempre que el período de residencia no haya finalizado más de un año antes de la interposición de la demanda, y que uno de ellos aún resida allí en el momento de la interposición de la demanda
4. a falta del anterior criterio, se aplicará la Ley del Estado de la nacionalidad de ambos cónyuges en el momento de la interposición de la demanda
5. en defecto de todos los anteriores criterios, se aplicará la Ley del Estado ante cuyos órganos jurisdiccionales se interponga la demanda.
Para la LEY APLICABLE a la separación judicial, nulidad y divorcio, cuando uno de los cónyuges es español o residente habitual en España, se tendrá en cuenta lo dispuesto en el art. 107.2 del C.C. Rigen en este orden:
1º) La ley nacional común de los cónyuges en el momento de presentación de la demanda, o
2º) A falta de nacionalidad común, por la ley de la residencia habitual del matrimonio,
3º) Si los esposos tuvieran su residencia habitual en diferentes Estados, por la ley española, siempre que los tribunales españoles resulten competentes.
4º) En todo caso, se aplicará la ley española cuando uno de los cónyuges sea español o resida habitualmente en España:
a) si no resultara aplicable ninguna de las leyes anteriormente mencionadas;
b) si en la demanda presentada ante el tribunal español la separación o el divorcio se pide por ambos cónyuges o por uno con el consentimiento del otro; y/o
c) si las leyes indicadas reconocieran la separación o el divorcio o lo hicieran de forma discriminatoria o contraria al orden público.
Para la LEY APLICABLE a la responsabilidad parental: se determina conforme al art. 9.4 del CC: ley personal del hijo y si no pudiera determinarse ésta, se estará a la de la residencia habitual del hijo.