Las asignaturas de formación básica "es obligatorio" que las convaliden porque "coinciden con el resto de universidades", pero hay casos en los que esto no ocurre, por lo que no las convalidan. Sí deberás estudiar las asignaturas tanto de formación básica como obligatoria de la universidad a la que vayas, ya que en ocasiones también convalidan asignaturas de formación obligatoria, todo depende del plan de estudios de la universidad y del rector de la universidad, ya que esto es muy elástico.
Con el exceso de créditos no pasa absolutamente nada, simplemente tendrás créditos de más y punto, por eso no debes preocuparte.
Para terminar la carrera debes cursar todas las asignaturas que la forman, independientemente del cúmulo de créditos que tengas.
En caso de tener aprobada una asignatura de 6 créditos que en otra universidad sea de 9 tampoco pasa nada, porque si te la convalidan esa asignatura de seis pasará a ser de nueve; y en el caso contrario sucederá exactamente lo mismo.