No es recomendable tener instalados 2 o más antivirus, aunque sí que se pueden tener instalados.
El Malwarebytes como bien dices, no es un antivirus, sino un programa para eliminar troyanos, software espía, gusanos, etc.
Ambos son compatibles, aunque hay una versión de Mcafee que tiene por sí misma, una versión similar a la de malwarebytes. Esa versión es la 8.7i para empresas. No sé si hay alguna versión personal más que contenga antispyware.
Por otro lado, spybot es un programa muy recomendable para tener instalado con Mcafee, pues inmuniza, cosa que no hacen los otros.
Si tienes sistema operativo original, instala el Microsoft Security essential, que incorpora un antitroyanos.
Un saludo,