Hola
La "Jura de Cuentas" es un procedimiento en sí mismo, con sus correspondientes plazos; en el supuesto que indicas supongo que darían los 10 días para aportar bien el justificante del pago, bien las alegaciones contra el procedimiento abierto, bien el que se aviniese a pagar, pero en todo caso el Juez dicta un Auto motivado y contra el que no cabe recurso alguno. Es decir, no es que se haya desestimado el procedimiento de "Jura de Cuentas" por comprobación del abono; cuando una demanda, que es al fin y al cabo lo que se presenta en el procedimiento es desestimada es porque hay algo en la demanda que le lleva a ello, alguna incongruencia en el petitum, puede ser, pero si lo que se aporta es el abono, es un Auto de archivo del procedimiento ya concluso por haberse efectuado el pago, algo que ha quedado acreditado en el procedimiento.
Lo anterior es lo que no me cuadra para que ahora haya presentado un monitorio; si tienes el Auto de ese procedimiento que apuntas, es algo tan sencillo como aportarlo en tus alegaciones a la demanda, es la única defensa posible. Otra sería volver a comenzar de nuevo aportando los justificantes de la cantidad que reclama.
No sé si te habrá podido aclarar algo, pero es que con los datos que aportáis, nos quedamos así,

Saludos y suerte