Lo unico que te puedo decir es que haga ese recurso de reposición y aportes las pruebas que tengas de que te matriculaste de la optativa por exigencia para poder acabar la carrera y que te aseguraron que luego te lo devolverían (Correos electrónicos, llamadas telefónicas que hay que coger la costumbre de grabarlas) y esperar que la razón se imponga.
Suerte compañero, aunque la administración, ya se sabe...