Si te soy sincero cuando leí la primera vez tu respuesta entendí que las situabas en planos distintos jerárquicamente hablando pero releyéndote veo que te refieres a otra cosa distinta. Creo que el problema es de pura interpretación de lo que pones y el profesor, por lo que te ha puesto, no va a apearse de la burra.
También es cierto que el usa la expresión "etapa intermedia" y no "capa intermedia". No se, creo que tal vez se haya encabezonado con la respuesta por que puede ser interpretable, pero tampoco hay para tanto, sobre todo si en las explicaciones has razonado y motivado tu queja y queda claro que sabes de lo que estás hablando.
Si yo fuese tú pedía la revisión del examen en comisión (o cualquier que sea el siguiente paso a la revisión ordinaria, que no lo se) y argumentaba y motivaba razonadamente el tema, como ya lo estás haciendo. También te digo que yo, a nivel personal, no es que tenga mucha experiencia en este tipo de reclamaciones por que siempre se me han resuelto positivamente en la primera fase, a ver si hay alguien que tenga más cicatrices de batalla que yo y te pueda aconsejar.
Mucha suerte!