Funcionaria, lo que sí puedes hacer, en caso de haber fraccionado el pago, es quitar la domiciliación, como dice Ralcos. Habrás perdido sólo los dos primeros pagos. Así se te anularía la matrícula.
Edit. Pero ten en cuenta que contará como convocatoria a efectos de pagar segundas o terceras matriculas. Es decir, si te anulan este curso una asignatura en primera matrícula, el curso siguiente, pese a la anulación, la tendrás en segunda matrícula. Creo que si el fallo no es imputable a la UNED es así. No te lo puedo confirmar con seguridad, eso sí. No sé si te valdrá mucho la pena al final, casi que mejor preparar lo que puedas y presentarte si el dinero ya está perdido.