Así de primeras creo que la fundamental es que la caducidad no se puede interrumpir mientras que el plazo para la prescripción, que puede ser adquisitiva (usucapion), o extintiva se interrumpe en general ante cualquier actuación ante los tribunales (efecto de la litispendencia) o por, por ejemplo, reconocimiento extraprocesal del deudor de su deuda. La caducidad por lo tanto es más rígida, actúa siempre para las pretensiones de condena a hacer, no hacer o dar.
No sé si te servira, probablemente haya por ahí una lista mucho más técnica y precisa de las diferencias pero a mi esta me ayuda a distinguirlas.
Ánimo y suerte!