Si es cierto que existen determinadas diferencias. Por ejemplo una que no han citado es que las universidades presenciales te exigen aprobar al año 12 creditos como mínimo porque si no te expulsan, cosa que creo que en la UNED no es asi ((( porque si no ya me puedo ir despidiendo de vosotros, jaajja).
Licenciarse en la UNED, aunque mucha gente no lo valore lo suficiente, tiene más merito que una presencial, ya que son personas con trabajo, con familia que tiene que organizar todo su tiempo para poder sacarse adelante una carrera.
Otra cosa que ya han dicho, en las universidades presenciales (y lo digo por experiencia propia), no veras muchos foros y mucho menos, tanta gente dispuesta a ayudarte, darte informacion, pasarte apuntes ... el compañersimo en la presencial es bastante nulo.
saludos.