Mira si la diferencia es entre una asignatura cuatrimestral y otra anual. Sólo en las cuatrimestrales la nota pasa al expediente ya que, en el caso de las anuales, hay que esperar al segundo examen para disponer de la nota final. A ver si por ahí encuentras la solución porque tampoco me aclaro mucho con la información que das. De todas formas, en el caso de una asignatura cuatrimestral te darán una doble calificación -la misma pero con diferente nomenclatura- que se corresponde con la nota del examen y la del expediente académico respectivamente.