Creo que lo que preguntas es si vas con la asignatura entera a septiembre si suspendes el parcial de febrero o junio ¿no? (es que puede tener otra lectura tu mensaje). Pues la respuesta es que vas sólo con la parte que hayas suspendido (o a la que no te hayas presentado, en su caso).
Si has suspendido el primer parcial de trabajo puedes aprobar el segundo en junio, e irías a septiembre sólo con la parte suspendida (en este caso, el primer parcial).
En caso de volver a suspender en septiembre, tal y como dice paesi, la tendrías enterita para el siguiente año.