Recibir las notificaciones en mano también es normal, la LGT art. 110.2 sólo dice que también podrá notificarse en el domicilio fiscal, centro de trabajo, etc, no dice que sea en mano o con carta certificada.
La solicitud de información no prescribe, si prescribe la obligación de guardar la documentación durante el tiempo de cuatro años a contar desde el día siguiente de la fecha de terminación del irpf de 2004 (que es 30/06/2005) salvo que en dicha declaración existan elementos (bonificaciones, deducciones, etc.) que por su aplicación en el tiempo sea necesario guardarlos para poder justificar las futuras deducciones (ejemplo todos los años que te deduces por adquisición de vivienda habitual), además si tu has presentado fuera de plazo dicha renta (por ejemplo en 20/01/2007) o bien has tenido una revisión posterior de la misma entonces se ha roto las prescripción y habrá que contar desde la fecha de la presentación extemporánea o desde la fecha de la resolución del procedimiento de revisión, según sea el caso.
Las impugnaciones contra actos o resoluciones de la AEAT se realizan a través del recurso potestativo de reposición y después con la reclamación al Tribunal Económico-Administrativo o directamente la reclamación ya que el de reposición es potestad de la persona que impugna. Existen unos recursos de alzada contra resoluciones dictadas por los Tribunales económicos-adminsitrativos, que no es tu caso.
Debes comparecer o presentar la documentación solicitada por registro (que seguramente también te lo pone en la notificación que te han dado), sino compareces tendrás que presentar un recurso de reposición en el plazo indicado oponiéndote a la solicitud de información por prescripción, recomendable también la alegación de no poseer dicha documentación por dicha prescripción, aun y todo te pueden sancionar por no comparecer o presentar la documentación solicitada. Si ganas el recurso por prescripción no procederá la sanción por no presentación a la comparecencia, pero si lo pierdes porque de alguna manera se rompió el periodo de prescripción, además de lo indicado en el párrafo segundo por que te han notificado antes o lo han intentado con los requisitos que establece la Ley, en el plazo que no estaba prescrita la acción y ahora lo hacen en segunda notificación (en mano) se habrá roto la prescripción con la primera notificación o intento y por lo tanto tendrán razón y tu pagarás la sanción, más las posibles consecuencias de una revisión tributaria.
El requerimiento de información que dices, no es el inicio de una inspección de ejercicios posteriores aunque puede ser el informarse para que después te notifiquen un procedimiento de revisión por gestión tributaria o un procedimiento de inspección.
Suerte.