Estimado Bbueno6:
Si vas a utilizar e instalar nuevamente el Windows Xp, lo cual no te aconsejo pues es un sistema operativo en vía de extinción y el soporte técnico -actualizaciones- está cerrado por Microsoft, sólo tienes que reinstalar el XP y cuando esté en la instalación una de las opciones es formatear el disco duro (HD), tienes dos opciones: una rápida que lo que hace es un borrado del directorio del HD, y otra lenta que lo que hace es borrar cada sector del HD. Utiliza esta última.
He leído más abajo que tienes un disco C y otro D, asegúrate que sean dos discos físicamente separados, mejor, distintos. Si por el contrario es un solo HD con dos particiones (C y D), NO INSTALES NI DES FORMATO al HD. Sólo se podría hacer con una herramienta externa (para formatear) para que no tengas problema de borrado accidental.
En fin, si tienes alguna duda me lo dices. Te aconsejo que te pases al Windows 7 profesional que para los estudiantes cuesta 35 euros (vid. hilo abierto por un servidor).
Saludos,
PD. No se puede dar formato al HD dentro del sistema operativo, sólo tal como te lo he explicado.