Lo que quiere decir es que no se pueden producir dos silencios administrativos consecutivos en relación con el mismo expediente. Si a la primera solicitud no se contesta, y dicha solicitud se encuentra dentro de los procedimientos en los que el silencio se entiende como desestimatorio (hay un listado), entonces el recurso de alzada debe ser contestado. Si se produce de nuevo el silencio, tras los plazos establecidos, entonces el interesado debe deducir que se ha aceptado su solicitud, y puede pedir a la Administración una certificación de la aceptación presunta de la misma.
Ejemplo. Eres funcionario y presentas una solicitud de compatibilidad para trabajar por cuenta propia. No te contestan. En este caso el silencio está definido como desestimatorio. Transcurridos los plazos, presentas (dentro de plazo) recurso de alzada con toda tu argumentación. Recibirás respuesta, estimatoria o destimatoria de tu solicitud. Si se equivocan y no te contestan puedes considerar que tienes autorización para dicha compatibilidad.