Latosca,la empresa no podrá hacer efectivo lo que tu citas"a raíz de la baja le dijo que cogiera las vacaciones" es incompatible si estas de baja,estas de baja,si estas de vacaciones de de vacaciones a no ser que estés de baja durante el periodo vacacional de la empresa,que entonces,lo que se dice es que pierdes" porque obviamente si estas malo no te vas de vacaciones.
Lo que tiene que tener muy claro,con calendario laboral en mano,es primero,ver depende el tiempo quehacer trabajado las vacaciones que les corresponde(2,5 días por mes trabajado sino ha cambiado o meequivoco),luego cuando tenga el numero mirar de las que ha disfrutado( OJO HAY GENTE QUE SE LLEVA SORPRESAS),y si le sobran días esos son los que le tienen que abonar OJO!! Con esto,en el finiquito tiene que venir desglosadas como vacaciones no disfrutadas y el importe,ahí es donde el puede comprobar si le están abonando bien,y el paro lo solicitara después de que pasen esos días,porque sino hará fila y le dirán que esta de vacaciones,y no merece la pena perder tiempo si lo sabes,mucha gente se queda con una cara

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Yo lo que le recomiendo es que como es por enfermedad no deriva de nada laboral,el mismo día que se termine el contrato es decir el día 31 vaya al medico y se coja el alta,porque realmente a dinero calcular si merece la pena,pues no,básicamente porque no es laboral y te abonaría la mutua,luego lo el único inconveniente es por el ins,pero si esta con mejoría que haga eso porque se va a meter en un tinglado de ir a un sitio a otro medico arriba,presentar papeles...y luego le mandaran al medico o lo llamara inspección medica y le dará el alta entonces te acordaras de todo lo que has hecho y recorrido para nada(hablando que no este muy enfermo claro esta,entiendame bien por favor)