Hola,
Lo primero que tienes que hacer es “guardar” esos certificados, en una memoria externa.
Para ello tienes que exportar los certificados, y luego una vez recuperes el sistema, formatees o lo que sea, importarlos.
Para exportarlos con Internet Explorer, que imagino usas una de las últimas versiones, puedes hacerlo así:
HERRAMIENTAS>> OPCIONES DE INTERNET>>CONTENIDO>>CERTIFICADOS (Pulsamos de nuevo en Certificados)>>PERSONAL
Eliges el certificado que quieras, y le das a EXPORTAR a la memoria USB que sea. Puedes exportar con la clave de ese certificado o si ella, pero da igual: mientras sepas la clave, como tú quieras hacerlo.
Antes de realizar el formateo o lo que sea, te aconsejo que hagas eso de exportar los certificados y probar a importarlos en otro ordenador distinto (para "importarlos" es el mismo proceso que para exportar, pero al final escoges "importar" en lugar de "exportar"), para ver que efectivamente puedes seguir accediendo al Colegio de Abogados o a la FNMT desde ese otro ordenador. Una vez que lo compruebes desde ese otro ordenador, y teniéndolos en tu memoria USB los cetificados, los eliminas de ese otro ordenador siguiendo los mismos pasos que para importar o exportar, pero eligiendo al final el botón de “Quitar”.
Y, viendo que todo correcto, ya formatea o lo que sea tu ordenador, y luego importa los certificados desde la memoria USB.
Un saludo.