Hola, no me ha pasado nunca, pero recuerdo por compañeros que lo han comentado en el foro que si pagas más tarde no tiene consecuencias graves. Dudo mucho que te pongan pegas para presentarte ahora a esta convocatioria a los exámenes, no creo que esten tan avanzados en este aspecto de su gestión interna.
Habla con tu negociado de alumnos, te darán las instucciones solucionar el desaguisado del pago devuelto, tú pagas y asunto solucionado. Suerte con los exámenes.