Lo suyo es pasar los PDF a Word y en Word hacer todas las ediciones necesarias (modificar texto, dar formato, negritas, etc...). Luego lo guardas en formato RTF y con el Calibre lo pasas a ePUB. Con el Sigil editas el ePUB y le das un repaso rápido al texto por si hay algo que retocar y como toque final usas el "ePubtoMobi", un programa sencillo que te convierte los ePUB's a mobi con el kindlegen de Amazon.
Si queréis ver como quedan, al final de la página 1 tenéis un link con los apuntes del 2º parcial (las preguntas más frecuentes).
Estando en formato mobi, desde el Kindle puedes poner el tamaño de la letra a tu gusto.
Otra opción es trabajar el texto con el Writer de LibreOffice y con el complemento "Writer2ePub" instalado lo pasáis directamente a ePUB desde el Writer, ya solo queda echar un vistazo con el Sigil por si hubiera que dar un último retoque y a convertirlo a mobi con el "ePubtoMobi".