Intentaré aportar algo para aclarar el asunto. Tus dudas me parecen lógicas y te aseguro que planteando estas preguntas en el curso virtual al equipo docente, te sabrán dar buenos y sencillos ejemplos.
1- Una costumbre es una práctica social reiterada, uniforme de un grupo social en un tiempo y territorio determinado ( un municipio, un sector empresarial) que cuenta con la aprobación social de todos.
2.- La definición de costumbre en este caso se refiere a la costumbre jurídica que produce derechos y obligaciones jurídicas. Esta definición situa a la costumbre al nivel de las normas jurídicas en este caso pertenecientes al Derecho consuetudinario.
3.- Hay que tener en cuenta que no todas las normas juridicas están plasmadas por escrito. En el Derecho anglosajón y en alguna comunidad autónoma española, donde rige un Derecho civil propio, la costumbre es incluso fuente de Derecho en primer lugar.
Lo cual te da una idea de que no hace falta que una norma sea puesta en un código para poder aplicarse a un caso.
4.- La moral se define como un conjunto de costumbres, creencias, valores y normas que configuran una guía para obrar de un grupo social determinado y que versa sobre el bien o el mal, lo correcto o lo incorrecto de una conducta.
Ahora bien, tenemos un caso, un conflicto entre dos partes y no hay ley aplicable pero hay una práctica general y reiterada que podría aplicarse para resolver el conflicto. Si resulta que esa costumbre no es contraria a la moral (que no sea una conducta, aunque reiterada y generalizada, contraria a lo que se considera bien y correcto y que no interfiere en el orden público), se podría aplicar al caso.
¿ Cómo probarlo? Como todo, con testigos, documentos, etc
De todas formas te recomiendo leer el correspondiente capítulo de algún manual de Civil I, Teoría Del derecho o los apuntes que hay aquí.