Hola:
Existen dos cosas muy distintas, a saber, la primera es el gobierno de los jueces, y la segunda es la independencia de los jueces (poder judicial in abstracto) que, por otro lado, nada tiene que ver uno con el otro.
Hay muchos partidarios, en que el CGPJ no debe existir, pues por una razón muy sencilla que el único "juez" o espada que debe pender de cada uno de los jueces y magistrados de los tribunales españoles es la propia Ley, y no un Consejo que dirija a los jueces, pues es aquí en cierto modo cuando se puede resquebrajar la propia independencia de los jueces y magistrados.
El juez una vez que ha aprobado sus oposiciones y obtiene plaza a través del ministerio, se publica en el BOE es así, independiente, inamovible, etc. de cualquier institución llámese consejo o ministerio, sometido exclusivamente al imperio de la ley.
Saludos,