Hola Nava,
El Registro es una herramienta de publicidad mediante fe pública que produce unos efectos legales determinados respecto a terceros y respecto al titular.
La primera cuestión que planteas supongoa que se refiere a que si la constructora responde de las deudas con ese local del que es titular registral y por lo tanto es legalmente "patrimonio" de la contructura (aunque el uso estuviera en manos de quien fuere).
Puesto que el Cod. Civil asevera que respondemas de las deudas con nuestro patrimonio presente y futuro (y ante la falta de la transmisión del bien por las vias legales -título y modo-) debemos acordar que ese bien está afecto a las obligaciones que hubiera contraido la "constructora". Yo creo que si.
Respecto a la segunda pregunta el Ayuntamiento solo puede demostrar que se le permitía el uso del local que, en su caso, podrá ser perpetuado o no por el nuevo titular del mismo tras ser ejecutado.
Es mi punto de vista vamos.
Saludos

Luka.