Te respondo a tus preguntas por orden:
En principio puede ser legal incluir el iva en el precio del alquiler. Los arrendamientos están sujetos a IVA como norma general, lo que ocurre es que estan exentos de IVA los contratos de arrendamiento para uso exclusivo de vivienda, que son los más habituales.
En cuanto a si es posible despedir a un trabajador estando de baja, lo que en principio no sería legal es que la causa del despido sea la incapacidad por la que se cogió la baja, pero es posible despedir a un trabajador casi siempre. Otra cosa será como se calificará el despido según el tipo de contrato, las circunstancias del trabajador, etc...
Es más existe un supuesto en el ET que contempla que a un trabajador se le pueda despedir por por faltas de asistencia continuadas, entre las que se computan las bajas de corta duración.
Si nos despiden estando de baja, pasamos a cobrar la prestación por incapacidad temporal del INSS o de la Mutua, según el tipo de baja y la cobertura que tubiera contratada la empresa.
Saludos.