No, no es cierto que no haya problema si está por encima del valor catastral. Lo normal es que Hacienda tenga los inmuebles valorados por encima del valor catastral y cobra en función de ese valor, que tampoco es el de mercado. Ese valor se calcula multiplicando el valor catastral por un coeficiente que te pueden dar en el Registro de la Propiedad , declarando ese valor ya no hay problema.
Te comento que yo compré una segunda residencia, que pagué y declaré el valor de lo que el vendedor me pidió, es decir , no rebajé nada en la escritura y aún así, posteriormente, Hacienda entendió que el valor era superior y me envió una liquidación por la diferencia que evidentemente tuve que pagar sin rechistar a pesar de ser injusta.