Se me ocurre que igual tiene que ver con las fechas. Este año, al parecer, han fraccionado en hasta 4 pagos pero, los recibos se cargan muy cerca en el tiempo unos de otros (un mes, más o menos), por lo que, al final, el fraccionamiento es pequeño.
En mi caso, hice la matrícula a primeros de septiembre y ya me han cargado dos recibos, siendo el primero de un porcentaje que duplica al del segundo.
Así, dado que según indican en las instrucciones de matrícula -https://descargas.uned.es/publico/pdf/ManualdelaNuevaAplicaciondeMatricula2016.pdf- a 30 de octubre sería la fecha final para el segundo plazo, el fraccionamiento tendría menos sentido.